Ústav dějin umění od svého založení shromažďoval a zpracovával uměleckohistorickou dokumentaci. Roku 2006 vzniklo specializované vědecké oddělení, které plní tři základní a vzájemně úzce provázané úkoly – výzkum v oblasti pramenů k dějinám umění, ediční činnost a zpřístupňování rozsáhlých i v evropském měřítku významných vlastních dokumentačních fondů, včetně standardního badatelského servisu pro veřejnost. V rámci střednědobé koncepce činnosti ústavu se podílí na plnění všech výzkumných priorit. Kromě základního výzkumu klade oddělení velký důraz na výzkum aplikovaný, na popularizaci a má i své infrastrukturní úkoly. Oddělení pořádá konference k problematice písemných pramenů pro dějiny umění a je s ním spojena ediční řada Fontes historiae artium.
Nejdůležitějšími projekty v posledních letech byly projekty NAKI I a II Ministerstva kultury ČR Obnova buquoyské kulturní krajiny: Záchrana movitého kulturního dědictví jako báze pro obnovu paměti místa a kulturní identity, Hledání provenience movitých kulturních statků zestátněných v roce 1945 občanům německé národnosti v severočeském regionu a IDIHU – vývoj nástrojů a infrastruktury pro digital humanities a aktivity programu Strategie AV21 Paměť v digitálním věku, Odolná společnost pro 21. století a Město jako laboratoř změny.
V současnosti jsou jeho pracovníci zapojeni do projektu NAKI III Památky a společnost v českých zemích mezi lety 1900 a 1960: Profesní a osobní strategie ochránců památek ve světle soukromé korespondence a projektu Grantové agentury ČR „Český Vasari“ Jan Jakub Quirin Jahn (1739–1802) a jeho pojetí dějin výtvarného.
V oddělení dokumentace mají své těžiště dvě centra s dalšími významnými projekty: Centrum pro výzkum fotografie a Centrum epigrafických a sepulkrálních studií.
Součástí oddělení je od roku 2009 restaurátorský ateliér, který byl v letech 2016–2020 zapojen do třech projektů NAKI II (Josef Sudek a fotografická dokumentace uměleckých děl, Stopy tvorby. Dědictví velkých sochařů první poloviny 20. století a Hledání provenience movitých kulturních statků zestátněných v roce 1945), od roku 2023 poté do projektu NAKI III Památky a společnost v českých zemích mezi lety 1900 a 1960: Profesní a osobní strategie ochránců památek ve světle soukromé korespondence. Ateliér zároveň systematicky ošetřuje sbírkové předměty včetně přípravy pro zápůjčky na výstavy a digitalizaci.
Oddělení spolupracuje na různé bázi s řadou českých a zahraničních institucí (v současnosti mj. Národní památkový ústav, Národní galerie, Masarykův ústav a Archiv AV ČR, Národní filmový archiv, Filozofická fakulta UK, Filozofická fakulta MUNI, Fakulta restaurování UPCE a další).
