Oddělení historiografie a teorie umění vzniklo v roce 2019 s cílem obnovit výzkum, který nebyl v posledních desetiletích v ústavu systematicky prováděn. Jeho členky a členové se věnují především středoevropské teorii a estetice výtvarného umění 19.–21. století a historiografické reflexi metodologických přístupů oboru, též ve vztahu k impulzům a metodám jiných humanitních věd. Své bádání soustředí aktuálně nejvíce ke středoevropskému myšlení o obrazu a teorii výtvarného umění v rámci estetického myšlení první poloviny 19. století, k metodologii tzv. Vídeňské školy dějin umění a její recepci v českých zemích, k souvislostem dějin umění se strukturální estetikou a marxistickým myšlením. V poslední době se oddělení více věnuje také průzkumu dějin umění v souvislostech institucí a infrastruktur a historiografii památkové péče ve středo- a východoevropském prostoru během studené války. Pozornost je ale upřena i k novějším teoretickým výzvám jako podnětům teorie vizuální kultury, filozofie či teorie médií a intermediality.
Nejvýznamnější akcí oddělení je mezinárodní konference The Vienna School of Art History, která už stvrdila své místo ve středu sítě badatelů zabývajících se myšlením osobností Vídeňské školy dějin umění i jejich následovníků v kontextech různých regionů Evropy. Pořádá se od roku 2019 v dvouleté frekvenci, edice vybraných přednášek vychází pravidelně v Journal of Art Historiography Aktuálně pro rok 2025 se připravuje téma soustředěné k myšlení a dílu Aloise Riegla: The Vienna School of Art History IV: für Riegl . Příležitostí k metodologické sebereflexi a mezioborové diskusi jsou též menší, primárně interdisciplinárně stavěné workshopy: Styl a poetika. Historie, teorie, aplikace (2019, ve spolupráci ÚDU a ÚČL AV ČR), nebo Mundus symbolicus aneb Svět emblematiky (2024, ve spolupráci ÚDU a KTF UK).
Členky a členové oddělení také připravují a odborně zaštiťují překladovou edici ARS // Philosophia, Aesthetica, Theōria s teoreticky a metodologicky podnětnými novějšími i již kanonickými texty z teorie, estetiky a filozofie výtvarného umění, vydávanou nakladatelstvím Academia. Po textech Heinricha Wölfflina (2020; Základní pojmy dějin umění, 1915) a Arthura C. Danta (2021; Po konci umění, 1984) vycházejí aktuálně překlady Jonathana Craryho (2024; Techniky pozorovatele. O vidění a modernitě v 19. století, 1990), antologie myšlení Abyho Warburga (2025; Články, eseje, poznámky a přednášky) či Renata Barilliho (2025; Věda o kultuře a fenomenologie stylů, 1991).
Reflexe domácí historiografie oboru zahrnuje i archivní výzkum a edice publikovaných i nepublikovaných textů (Josef Krása: Skok vysoký Josefa Krásy), nebo průzkum korespondence významných představitelů oboru (projekty NAKI III: Network of Letters. Korespondence intelektuálních elit v přelomových dobách českých dějin z digitální perspektivy nebo Památky a společnost v českých zemích mezi lety 1900 a 1960: Profesní a osobní strategie ochránců památek ve světle soukromé korespondence).
Členky a členové oddělení se také zapojují do diskusí, workshopů a konferencí organizovaných dalšími odděleními ústavu a také do dalších projektů (např. celoústavního projektu výstavy a doprovodné odborné monografie „… a viděl jsem nové nebe a novou zemi…“ Apokalypsa a umění v českých zemích, 2023).
